Chương trình được nhà trường xây dựng theo hướng “tối ưu hóa” nhằm giúp học sinh nắm vững kiến thức trọng tâm của từng cấp lớp, đủ khả năng đạt thành tích cao và lấy các bằng cấp do BGD&ĐT Việt Nam quy định, có giá trị ngang bằng với bằng cấp của các trường công lập hàng đầu trong hệ thống giáo dục quốc gia. Quá trình giảng dạy tại Martin Academy được thực hiện bằng việc đa dạng hóa các phương pháp và ứng dụng các nền tảng trực tuyến cũng như khai thác tốt những phần mềm hỗ trợ dạy học hiệu quả (Kahoot, Quizizz, Google Classroom, Google Meet, VnEdu,..) để tổ chức dạy học theo chủ đề, phát triển kĩ năng làm việc nhóm cũng như kĩ năng làm việc độc lập.

Đặc biệt, với mô hình “Lớp học không vách ngăn”, học sinh được trải nghiệm môi trường bên ngoài lớp học qua các chuyến tham quan dã ngoại, trải nghiệm sáng tạo; tham gia các câu lạc bộ, các hoạt động khoa học và các hoạt động xã hội.